Biology Health Ile-de-France Scholarship Position, Université Paris-Sacla, France

Biology Health Ile-de-France Scholarship Position, Université Paris-Sacla, France: Our genomes are constantly facing DNA lesions arising from either environmental stress or endogenous events, which repair is critical for the faithful transmission of an unmodified genome upon cell division. Inaccurate repair results in genome instability and debilitating mutations which are hallmarks of cancer cells. Genome organization in the nucleus has been pointed in the last years as a critical element in the regulation of genomes functions. Although its impact on transcription is well recognized, how it impacts on genome stability is less well understood. We propose to characterize the contribution of the 3D organization of the genome in the nucleus (e.g.the positioning of sequences relative to each other and to functional sub-compartments) on DSB repair, using budding yeast as a model system. Yeast allows to combine high-resolution live imaging, genetics and proteomics, to tackle this question under conditions that precisely manipulate loci position in the nucleus and/or chromatin status and/or sequence content.

Chaque jour, nos cellules subissent de nombreuses lésions au niveau de leur ADN résultant de stress environnementaux ou d’évènements endogènes liés à la vie et à la division cellulaire. La réparation de ces lésions est essentielle au maintien de l’intégrité du génome et à sa transmission au cours des divisions cellulaires. Une mauvaise réparation de ces lésions peut entraîner des réarrangements chromosomiques et modifier l’expression de certains gènes qui peuvent être à l’origine du développement de certains cancers ou de maladies génétiques. L’organisation du génome dans le noyau est maintenant reconnue comme un élément essentiel dans la régulation des fonctions des génomes. Bien que son impact sur la transcription soit bien reconnu, son importance pour le maintien de la stabilité du génome est moins bien comprise. Nous nous proposons de caractériser la contribution de l’organisation 3D du génome dans le noyau (i.e. le positionnement des séquences les unes par rapport aux autres et par rapport aux sous-compartiments fonctionnels du noyau) sur la réparation des cassures double brin, en utilisant la levure comme système modèle. La levure permet de combiner la microscopie haute résolution in vivo avec la génétique et la biochimie, et d’aborder cette question dans des conditions qui manipulent précisément la position des loci dans le noyau.

Disciplines	Other (Biology & Health)
Laboratory	U 1274 Stabilité génétique, Cellules Souches et Radiations
Host institution	Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health
Doctoral school	STRUCTURE ET DYNAMIQUE DES SYSTÈMES VIVANTS – ED 577
Doctorate	Full Doctorate D-16
Reference	CF202434553 / ADUM:PT53170
official website	click here

Skills required

The candidate must hold a an engineering or Master degree in biology. A background in molecular genetics and/or microscopy will be a plus.

Bibliography

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• Kalocsay, M., Hiller, N. J. & Jentsch, S. Chromosome-wide Rad51 Spreading and SUMO-H2A.Z-Dependent Chromosome Fixation inResponse to a Persistent DNA Double-Strand Break. Molecular Cell 33, 335–343 (2009).
• Simon M-N, Dubrana K & Palancade B. On the edge: how nuclear pore complexes rule genome stability. Curr Opin Genet Dev 84: 102150.
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• Batté, A. et al. Recombination at subtelomeres is regulated by physical distance, double‐strand break resection and chromatin status.The EMBO Journal 36, 2609–2625 (2017)
• Mojumdar A, Sorenson K, Hohl M, Toulouze M, Lees-Miller SP, Dubrana K, Petrini JHJ, Cobb JA. Nej1 Interacts with Mre11 to RegulateTethering and Dna2 Binding at DNA Double-Strand Breaks. Cell Rep. Aug 6;28(6):1564-1573.e3 (2019)

Grant holder offer / non-funded

Open to all countries

Important Dates

• Application deadline: 21/03/24
• Duration: 36 months
• Start date: 01/10/24
• Creation date: 16/02/24

Languages

• Level of french required: None
• Level of English required: B2 (upper-intermediate)

Miscellaneous

Annual tuition fee: 400 € / year

Website

Keywords

DNA repair, Nuclear organisation, Recombination, NHEJ, Chromatin, Nuclear pore

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